La Commissione è un organo collegiale composto da un presidente e da quattro membri, nominati con decreto del Presidente della Repubblica, su proposta del Presidente del Consiglio dei Ministri.

Le decisioni sono assunte a maggioranza dei componenti presenti; per alcune specifiche deliberazioni è richiesta dalla legge una maggioranza qualificata (non meno di quattro voti favorevoli).

Il Presidente Giuseppe Vegas ed i Commissari, attualmente Vittorio Conti, Michele Pezzinga, Luca Enriques e Paolo Troiano, durano in carica sette anni senza possibilità di un secondo mandato.